Een te laat ingediend bezwaarschrift is in beginsel wegens termijnoverschrijding niet ontvankelijk, tenzij de indiener niet in verzuim is geweest. De termijn voor het maken van bezwaar tegen een belastingaanslag of een voor bezwaar vatbare beschikking vangt aan op de dag na die van dagtekening van het aanslagbiljet of de beschikking. Als de aanslag of beschikking is gedagtekend op een eerdere datum dan de dag van bekendmaking van de aanslag of beschikking vangt de bezwaartermijn aan op de dag na de dag van bekendmaking. Uitgangspunt is dat met de terpostbezorging van een aanslagbiljet de daarin vervatte besluiten zijn bekendgemaakt. Als de belanghebbende de verzending van het aanslagbiljet betwist, is het aan de inspecteur om die verzending aannemelijk te maken.

De verzending per post rechtvaardigt volgens de Hoge Raad het vermoeden van ontvangst van een poststuk op het daarop vermelde adres. Per post verzonden stukken worden in de regel op het juiste adres bezorgd. De belanghebbende, die de ontvangst van een door de Belastingdienst verzonden stuk ontkent, dient het vermoeden van ontvangst te ontzenuwen. Daartoe is voldoende dat op grond van wat de belanghebbende aanvoert de ontvangst of de aanbieding van het besluit redelijkerwijs kan worden betwijfeld. Slaagt de belanghebbende daarin, dan zal de inspecteur nader bewijs moeten leveren van de ontvangst of van de aanbieding van het poststuk op het vermelde adres.

Met betrekking tot de ontvankelijkheid van een te laat aangewend rechtsmiddel tegen een opgelegde bestuurlijke boete hanteerde de Hoge Raad sinds 1988 een afwijkende rechtsopvatting. Deze opvatting hield in dat als de belastingplichtige, aan wie een bestuurlijke boete is opgelegd, stelt dat, en op welke grond, de termijnoverschrijding niet aan hem is toe te rekenen, het te laat ingediende bezwaar alleen niet ontvankelijk wordt verklaard als de onjuistheid van deze stelling wordt bewezen.

In de rechtspraak over verkeersboetes en bestuurlijke boetes op grond van andere wetten is inmiddels een andere opvatting zichtbaar geworden. De Hoge Raad is van oordeel dat deze afwijkende opvatting ook voor fiscale bestuurlijke boetes moet gelden. Dat betekent dat de bewijsregels voor bezwaarschriften tegen aanslagen en beschikkingen ook gelden voor fiscale procedures over bestuurlijke boetes.

Vrijwillige inkeer is een strafverminderende omstandigheid. Er is sprake van een vrijwillige inkeer wanneer een belastingplichtige voordat hij weet of redelijkerwijs moet vermoeden dat de Belastingdienst met de onjuistheid of onvolledigheid van zijn aangifte bekend is of zal worden alsnog de juiste informatie verstrekt. De rechtbank Gelderland heeft het betoog van een belastingplichtige dat een beroep op de inkeerregeling mogelijk blijft zolang er een serieuze mogelijkheid bestaat dat de Belastingdienst niet op de hoogte raakt van de onregelmatigheid in de aangifte, afgewezen.

De rechtbank kwam tot dit oordeel in een procedure van een cliënt van de Zwitserse UBS-bank. De Belastingdienst heeft op 23 juli 2015 de Zwitserse belastingautoriteiten om informatie gevraagd over Nederlandse rekeninghouders van de bank. UBS heeft haar Nederlandse cliënten al in 2014 gevraagd om bewijzen van een juiste fiscale aangifte over te leggen. De bank heeft haar Nederlandse cliënten op de hoogte gesteld van het informatieverzoek. Nadat de Zwitserse Belastingdienst een officiële aankondiging over het informatieverzoek heeft gepubliceerd, hebben Nederlandse media op 27 september 2015 over het verzoek bericht. Volgens de rechtbank laten deze feiten geen andere conclusie toe dan dat de cliënt van de bank objectief gezien kon weten of vermoeden dat de Belastingdienst op de hoogte zou raken van de Zwitserse bankrekening. Pas daarna is het formele beroep op de inkeerregeling gedaan. Vervolgens heeft het nog ruim vier maanden geduurd voordat alle gegevens met betrekking tot de bankrekening aan de Belastingdienst zijn verstrekt.

Een negatief inkomen in box 1 van de inkomstenbelasting kan worden verrekend met positieve inkomens van eerdere of latere jaren. Een negatief inkomen wordt door de Belastingdienst in een verliesbeschikking vastgesteld. De verrekening van een verlies wordt ook bij beschikking vastgesteld. Wanneer een aanvankelijk vastgesteld verlies later wordt gewijzigd, bijvoorbeeld door het opleggen van een navorderingsaanslag, heeft dat gevolgen voor de verrekening van het eerder vastgestelde verlies.

De Belastingdienst stelde het inkomen in box 1 van een belastingplichtige over 2008 aanvankelijk vast op een negatief bedrag. Dit verlies werd bij beschikking verrekenend met het positieve inkomen van 2005. Vervolgens legde de Belastingdienst een navorderingsaanslag op over 2008, waardoor het inkomen op een positief bedrag uitkwam. Op het aanslagbiljet stond dat de verliesverrekening door de navordering over 2008 verviel. De Belastingdienst corrigeerde de verliesverrekening door het opleggen van een navorderingsaanslag over 2005. De daarvoor vereiste verliesherzieningsbeschikking over 2008 ontbrak echter. Dat was voor de rechtbank aanleiding om de navorderingsaanslag over 2005 te vernietigen.

Navordering van belasting is mogelijk wanneer de Belastingdienst beschikt over een nieuw feit of ter zake van een feit ten aanzien waarvan de belastingplichtige te kwader trouw is. Een belastingplichtige is te kwader trouw wanneer hij de inspecteur opzettelijk de juiste gegevens of inlichtingen heeft onthouden of opzettelijk onjuiste gegevens of inlichtingen heeft verstrekt. Dat doet zich voor als de belastingplichtige ten tijde van het doen van de aangifte wist dat de aanslag te laag zou worden vastgesteld wanneer deze aangifte zou worden gevolgd.

Indien de belastingplichtige een eerder ingediende aangifte wijzigt of aanvult voordat de inspecteur de definitieve aanslag heeft vastgesteld, moet mede op basis van de gewijzigde of aangevulde aangifte worden beoordeeld of de belastingplichtige te kwader trouw is. Volgens de Hoge Raad is dat niet anders als de inspecteur de gewijzigde aangifte als een verzoek tot herziening van een voorlopige aanslag heeft behandeld. De Hoge Raad kwam tot deze uitspraak in een zaak van iemand die een tweede aangifte had ingediend nadat hij van zijn werkgever en zijn belastingadviseur had gehoord dat hij de opbrengst van een winstdelende lening moest aangeven in box 1 als voordeel uit lucratief belang. Door dit voordeel niet op te nemen in de tweede aangifte heeft de belanghebbende bewust de aanmerkelijke kans aanvaard dat hij aan de inspecteur niet de juiste gegevens heeft verstrekt. Volgens de Hoge Raad heeft Hof Den Haag eerder in de procedure de belanghebbende terecht als zijnde te kwader trouw aangemerkt, zodat de inspecteur het recht had om na te vorderen.

Ondernemers zijn administratieplichtig. Dat houdt in dat zij een zodanige administratie van hun vermogenstoestand en van hun bedrijf moeten bijhouden dat daaruit op ieder moment hun rechten en verplichtingen en de voor de heffing van belasting van belang zijnde gegevens kunnen worden afgeleid. De administratie moet zeven jaar worden bewaard. Tot de administratie behoren ook de onderliggende stukken. De administratieve gegevens kunnen op een andere dan de originele gegevensdrager worden opgeslagen, mits de volledige gegevens beschikbaar blijven gedurende de bewaarperiode en zij binnen redelijke tijd leesbaar kunnen worden gemaakt. De aard, omvang en complexiteit van een bedrijf zijn medebepalend voor de eisen die aan een administratie worden gesteld.

De inspecteur kan bij voor bezwaar vatbare beschikking vaststellen dat een ondernemer niet aan zijn administratieve verplichtingen heeft voldaan. Tijdens een boekenonderzoek bij een horecaondernemer constateerde de Belastingdienst dat de administratie gebreken vertoonde. De Belastingdienst stelde de tekortkomingen vast in een informatiebeschikking. De rechtbank was van oordeel dat de beschikking terecht is gegeven. De ondernemer had niet aan zijn administratieve verplichtingen voldaan. Hoewel een groot deel van zijn omzet contant werd ontvangen was de kasadministratie niet controleerbaar. De detailgegevens van de kassa, pinafslagen, kladbriefjes en dergelijke had de ondernemer niet bewaard. Dergelijke primaire bescheiden vormen een wezenlijk deel van de administratie van een onderneming. Door deze niet te bewaren kon niet gecontroleerd worden of de gegevens juist en volledig waren overgenomen in het kasboek. De vereiste aansluiting tussen omzet in geld en goederen kon niet worden gemaakt. De Belastingdienst kon de juistheid en volledigheid van de omzet niet controleren.

Wanneer een belastingplichtige niet op tijd of onvolledig aangifte inkomstenbelasting heeft gedaan, kan dat leiden tot omkering en verzwaring van de bewijslast. Dat houdt in dat de belastingplichtige overtuigend moet bewijzen dat en in hoeverre de opgelegde aanslag niet juist is.

De Belastingdienst legde naar aanleiding van een strafrechtelijk onderzoek aan een inmiddels overleden belastingplichtige navorderingsaanslagen inkomstenbelasting over de jaren 2007 tot en met 2009 op en legde een aanslag voor het jaar 2010 op met correctie van het aangegeven inkomen. In de procedure over de aanslagen oordeelde het hof dat de bewijslast omgekeerd en verzwaard moest worden. Redengevend daarvoor was dat de aangifte 2009 niet binnen de daarvoor gestelde termijn was gedaan en dat voor de jaren 2007, 2008 en 2010 niet de vereiste aangiften waren gedaan omdat de inkomsten uit de handel in softdrugs niet waren opgenomen in de aangiften. De erfgenamen voerden in cassatie tegen de uitspraak van het hof aan, dat de omkering en de verzwaring van de bewijslast sancties zijn met een persoonlijk karakter, die vervallen op het moment van overlijden.

De Hoge Raad volgt dit betoog niet. Het gaat om een bestuursrechtelijke maatregel die bedoeld is om het doen van juiste en volledige aangiften te bevorderen. Wanneer de vereiste aangifte niet is gedaan is het doel niet bereikt. Noch de tekst van de wet, noch de strekking van de maatregel verzet zich ertegen dat de bewijsrechtelijke gevolgen van de maatregel ook na het overlijden van de aangifteplichtige van toepassing blijven. Een tweede doel van de omkering en verzwaring van de bewijslast is de vermindering van de bewijsproblemen van de inspecteur indien iemand niet aan de verplichting om informatie te verstrekken of een administratie te voeren voldoet. Dergelijke bewijsproblemen nemen door het overlijden van de betrokkene niet af.

Op grond van de oude inkeerregeling werd geen vergrijpboete opgelegd aan een belastingplichtige die alsnog een juiste en volledige aangifte deed voordat hij wist of moest vermoeden dat de inspecteur op de hoogte was van de onjuistheid of onvolledigheid van de eerdere aangifte. De inkeerregeling is met ingang van 2 juli 2009 gewijzigd. Vanaf die datum is de periode waarbinnen inkeer zonder vergrijpboete mogelijk is beperkt tot uiterlijk twee jaar na het tijdstip waarop de eerdere onjuiste of onvolledige aangifte is gedaan of waarop aangifte had moeten worden gedaan. Wanneer na het verstrijken van twee jaar wordt ingekeerd is dat een reden om de op te leggen vergrijpboete te matigen. Met het Belastingplan 2018 is de inkeerregeling afgeschaft. 
Het EVRM en het IBPVR bepalen dat niemand mag worden veroordeeld voor een feit dat niet strafbaar was ten tijde van het handelen of nalaten. Ook mag geen zwaardere straf worden opgelegd dan de straf die ten tijde van het begaan van het strafbare feit van toepassing was.

De vraag in een procedure over de toepassing van de inkeerregeling was of door de wijziging van de wet per 2 juli 2009 een zwaardere straf werd opgelegd aan de inkeerder dan de straf die ten tijde van het begaan van het stafbare feit van toepassing was. Volgens de rechtbank ligt de inkeerregeling als algemene vervolgingsuitsluitingsgrond in de sfeer van het materiële boeterecht. De rechtbank merkte de regeling aan als een strafbepaling en niet als een bepaling met betrekking tot de uitvoering of handhaving van de straf. Voor zover door de gewijzigde bepalingen sprake was van strafverzwaring oordeelde de rechtbank dat deze bepalingen in strijd waren met het EVRM en het IVBPR. De rechtbank vernietigde de vergrijpboetes die over de jaren 2004 tot en met 2007 waren opgelegd.

Op 1 november 2015 is de Wet elektronisch berichtenverkeer Belastingdienst in werking getreden. Sindsdien geldt in afwijking van de Algemene wet bestuursrecht dat berichten tussen belastingplichtigen en de inspecteur uitsluitend elektronisch worden verzonden. Wel kunnen bij ministeriële regeling berichten worden aangewezen die op andere wijze worden verzonden. Van deze mogelijkheid is in de Regeling elektronisch berichtenverkeer Belastingdienst gebruik gemaakt door alle berichten in verband met bezwaar, beslissingen op bezwaar betreffende alle aanslagen en voor bezwaar vatbare beschikkingen uit te zonderen van het verplichte elektronische berichtenverkeer. Dit heeft tot gevolg dat de verzending in elk geval per post moet plaatsvinden.

Volgens de Hoge Raad moet omwille van de rechtszekerheid worden aangenomen dat een uitspraak op bezwaar op de voorgeschreven wijze wordt bekendgemaakt door verzending per post. De beroepstermijn van zes weken vangt op dat moment aan en niet op het moment waarop de uitspraak elektronisch is verzonden.

Om een verzuimboete op te leggen is voldoende dat sprake is van een verzuim. Schuld of verwijtbaarheid van de zijde van de persoon aan wie de boete wordt opgelegd is niet vereist. Alleen bij afwezigheid van alle schuld of bij een pleitbaar standpunt wordt geen verzuimboete opgelegd.

Een procedure voor Hof Arnhem-Leeuwarden had betrekking op een verzuimboete. Deze was aan een ondernemer opgelegd omdat hij omzetbelasting die op aangifte moest worden voldaan niet op tijd had betaald. Het niet of te laat betalen van (een deel van) de aangegeven omzetbelasting is een verzuim. De ondernemer meende dat geen sprake was van een verzuim, omdat hij de te betalen omzetbelasting had verrekend met een verwachte teruggaaf over een ander tijdvak. Het hof honoreerde deze vorm van eigenmachtig optreden van de ondernemer niet met het vernietigen van de boete. In plaats van zelf tot verrekening over te gaan had de ondernemer bij de inspecteur een verzoek om uitstel van betaling kunnen doen in, afwachting van verrekening met een belastingteruggaaf. In dit geval had de ondernemer geen verzoek om uitstel van betaling gedaan, maar had hij de inspecteur medegedeeld dat hij tot verrekening van diverse bedragen was overgegaan. Deze handelwijze leidt niet tot afwezigheid van alle schuld. Ook is geen sprake van een pleitbaar standpunt. Daarom is de verzuimboete terecht opgelegd.